קדושת בית מדרש גבוהה מקדושת בית הכנסת

1. בית המדרש קבוע, קדוש יותר מבית הכנסת ומצוה להתפלל בו יותר מבית הכנסת, ודווקא כאשר יש עשרה בבית המדרש. כן איתא בטור, וביאר הב"י שכתב זאת בסי' צ' סמוך לעניין של זכות תפילה בבית הכנסת, לומר דאף שצריך להתפלל בבית הכנסת עם הציבור, היינו להמון העם, אבל מי שיש לו בית מדרש קבוע בתוך ביתו שלומד בו, מצוה להתפלל בו. אי נמי כוונת הטור היא דאף שצריך אדם להשתדל להתפלל עם הציבור, היינו דווקא להמון העם, אבל לתלמיד חכם, עדיף שיתפלל בבית המדרש אפי' ביחיד, וראיה דהא רבי אמי ורבי אסי אף על גב דהוו תליסר כנישתא בטבריא וכו' כדאיתא בפרק קמא דברכות (ח.). וכ"כ רבינו יונה (ד. ד"ה אלא) בשם רבני צרפת שאפילו בלא עשרה היו עושין כן, מפני שיותר נכון להתפלל יחידי במקום ששם קביעות התורה יומם ולילה, מלהתפלל בבית הכנסת עם הציבור. אבל הרמב"ם כתב (בפ"ח מהלכות תפילה ה"ג) והוא שיתפלל שם תפילת הציבור כלומר בעשרה וביאר הרבינו יונה בדבריו דאתא לאשמועינן דאף שבבית הכנסת היה ברוב עם, בכל אופן תפילה בבית המדרש קודמת למצוות ברוב עם. וכ"פ מרן השו"ע (סעי' יח). אמנם בכסף משנה (פ"ח מהלכות תפילה ה"ג) תירץ שהמעלה שכמו שבית כנסת קודם להתפלל בו בעשרה יותר מבבית וכדו', בית המדרש נמי קודם להתפלל בו בעשרה יותר מבית הכנסת. ומשמע מדבריו דמיירי באופן שיש אותה כמות אנשים בבית המדרש ובבית הכנסת, אבל לעולם מצות ברוב עם קודמת למצות תפילה בבית מדרש. ועי' משנ"ב (סקנ"ה) שחילק דבית מדרש של יחיד קודם למצוות ברוב עם, ללומדים באותו בית מדרש, אבל לשאר פשוטי העם, עדיף מצוות ברוב עם, יותר מתפילה בבית המדרש, אמנם בית מדרש ללימוד הרבים עדיף מבית הכנסת והעיקר שיש שם עשרה, משום שקדושתו חמורה יותר, וזה אפי' אם אינו לומד כלל.
2. אין חשיבות 'בית מדרש' אלא למקום הקבוע ללימוד תורה, אבל בית מדרש שמיועד רק לומר בו שיעור שעה או שעתיים ביום, אין לו חשיבות יותר מבית כנסת רגיל. כן כתב בספר תורת חיים (סופר סקכ"ג), וכן משמע ברבינו יונה ברכות (ד.) שכתב שאם אומרים בו דרשות לפי שעה אין לו מעלת בית המדרש, וכ"כ בספר מעדני יו"ט (פ"א מברכות סי' ז' אות מ') שמעלת בית המדרש היא ששם קביעות התורה וההוראות בכל יום, משא"כ בית מדרש ובית כנסת שאומרים בהם דרשות לפי שעה.
3. מי שתורתו אומנותו וכעת טרוד בתלמודו, יכול להתפלל ביחידי בבית המדרש, אם לא ירצה לבטל לימודו, ויעשה כן לפרקים. כתב רבינו יונה שאפילו לדעת הרמב"ם אין צריך עשרה אלא למי שדרכו ללכת מביתו ללמוד למקום אחר, דכיון שדרכו להתבטל מלימודו בשעה שהולך ללמוד, יש לו להתפלל בעשרה או ללכת לבית הכנסת. אבל מי שלומד בביתו כל היום במקום קבוע, ותורתו אומנותו, אין לו ללכת לבית הכנסת אם לא ימצא עשרה, מפני שנמצא מתבטל מלימודו בשעת הילוכו, וטוב לו שיתפלל יחידי משיתבטל כלל. וכ"פ הרמ"א. ואף שבזמנינו אין תלמיד חכם בדרגה של 'תורתו אומנותו' כרשב"י וחבריו שפטורים מתפילה, אלא כולם חייבים בתפילה, כמ"ש השו"ע (סי' קו סעי' ב' ובמשנ"ב שם סק"ו), בכל אופן כתב בשו"ת אגרות משה (או"ח ח"א סי' לא) שמ"מ לעניין זה שלא יצטרך לעזוב את בית המדרש ללכת להתפלל במניין, יש דין 'תורתו אומנותו'. אולם אם במקום הימצאו יש מניין, חייב ללכת לאותו החדר שבו מתקיים המניין ואין לו היתר להתפלל ביחיד. כ"כ האג"מ שם עיי"ש. ומ"מ הוסיף הרמ"א דאפי' במקום שיכול להתפלל ביחיד, אפי' הכי לא ירגיל עצמו לעשות כן, שלא ילמדו עמי הארץ ממנו ויתבטלו מבית הכנסת.
4. אין לתלמיד חכם לעסוק בתורה בשעה שהציבור אומרים תחינות וסליחות כגון ביום הכיפורים, אמנם אם כבר התפלל ואינו עומד שם אלא לענות הקדישים והקדושות מאותם שפורסים על שמע או שחוזרים כל התפילה, מותר לו לעסוק בתורה ואינו חושש. כן כתב כה"ח (סקקט"ז) בשם המאמר מרדכי (סי' צ' אות כא) ודייק כן מלשון הרמ"א שכתב וז"ל "וכ"ש שלא יעסוק בתורה בבית הכנסת בזמן שהציבור אומרים סליחות ותחינות". דמשמע שדווקא באופן שנראה כפורש מן הציבור אסור  לו ללמוד, אבל אם כבר התפלל ואינו נראה כפורש מן הציבור לית לן בה ושפיר דמי.